Eu uso muito o Putty e ele sempre se abre em uma pequena janela. Eu me perguntava se havia algum parâmetro ou configuração que eu pudesse alterar que pudesse abrir em uma janela de tamanho diferente por padrão.
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Quando você abre o PuTTY, selecione Janela na árvore à esquerda:
Você pode alterar o número de linhas e colunas na janela aqui.
Como alternativa, selecione Aparência e altere o tamanho da fonte:
Quando estiver satisfeito com as configurações, selecione Sessão e salve essas configurações novamente como "Configurações padrão":
Essas configurações agora serão o padrão para novas janelas PuTTY.