Você pode conectar dois pinos em um Arduino. Mas não está claro o que você está tentando fazer ou por quê.
Como ambos os pinos são inseridos, você pode detectar quaisquer alterações nos pinos do software - a única maneira de detectar que algo está conectado a um pino é, naturalmente, que um sinal elétrico mude nesse pino. Quando isso acontecer, você detectará isso no software e executará ações de acordo.
Você também pode conectar um pino de saída a um pino de entrada. Não há muito uso, claro, a menos que você tenha algum outro circuito que faça algo interessante entre os dois pinos.
ATUALIZAÇÃO: O importante é lembrar que esses microcontroladores baratos têm proteção mínima contra sobretensão e alta corrente. Mas contanto que você não exceda as especificações do chipset (que será um dos chips Atmel, o Uno usa o ATmega328 por exemplo), você vai ficar bem. Os chips Atmel são razoavelmente robustos e funcionarão alegremente entre 1,8 e 5,5v (não tenho certeza de qual suporte máximo de pinos). Portanto, apenas certifique-se de que seus circuitos estejam dentro dos parâmetros.