Sua melhor aposta se você não tiver o software em seus repositórios (ou seja, o apt-get install não o tiver) é ir até a fonte para ver se eles oferecem downloads. Se você ver que ele está disponível para outras versões, mas não estritamente seu, Kali é o mais próximo do Debian.
Alguns programas são escritos apenas para diferentes OS / DEs. O Linux é apenas o kernel, o que significa que ele lida com a funcionalidade de alto nível, como parar e alcançar o carregador de inicialização e outras coisas. Há outras considerações (como "é o usuário usando init ou SysV" ou uma tonelada de outras coisas) que aqueles que fizeram os programadores terem que levar em conta.
Também é uma possibilidade que aqueles que administram o repositório de Kali não tenham adicionado o software.
Dependendo do que você quer dizer com ns2 / ns3, talvez baixe o tarball e instale a partir daí? https://www.nsnam.org/releases Isso pode ser um pouco mais intimidante para novos usuários, mas a instalação a partir da origem geralmente não passa de algumas etapas.
Tecnicamente você pode adicionar o conteúdo do /etc/apt/sources.list do Ubuntu para o Kali para fazer com que o Kali instale o software do Ubuntu, mas essa é uma idéia tão terrível que eu nem deveria ter mencionado isso.