Estou tentando comparar uma pasta com um arquivo zip para ver se existem diferenças significativas entre os arquivos de origem que eles contêm.

Configurei minha comparação para ignorar a estrutura da pasta por questão de simplicidade e marquei a opção Ignorar diferenças sem importância.

Quando executo a comparação, ele mostra que muitos arquivos têm diferenças binárias (≠). No entanto, se eu abrir esses arquivos em uma nova exibição para ver as diferenças, isso mostrará que todas as diferenças não são importantes. Quando volto à visualização de pastas, vejo que o status mudou para o sinal ≈.

Existe alguma maneira de forçar o Beyond Compare a executar automaticamente essa comparação, então não preciso fazer isso manualmente? No menu de regras, verifiquei "Comparar conteúdos" e "Comparação baseada em regras", mas parece não estar funcionando.

Isso é um inseto? Isso é uma limitação ao comparar com arquivos zip? Minhas configurações estão corretas?

Você precisa mudar para a Handlingguia e alterar Archive handlinga caixa de seleção para As folder always:

Da documentação :

Manipulação de arquivos (por exemplo, arquivos zip)

Como as pastas sempre tratam os arquivos como pastas comuns.