É possível ocultar pastas de usuários no O365?
Usuário A - faz logon e vê a pasta A
Usuário B - faz logon e vê a pasta B, mas não a pasta A
Este é o SharePoint básico. Se o usuário B não tiver acesso à pasta A, a segurança será cortada da interface.
Uma abordagem melhor é permitir que os usuários armazenem esses dados no OneDrive para empresas. Se deve estar em um site procure separar bibliotecas em vez de pastas. Quebrar a herança no nível do item (pastas são itens) é uma prática ruim e leva a problemas de manutenção no futuro.