R 3.5.0 para Ubuntu

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Os pacotes de instalação do R 3.5.0 para o Ubuntu Xenial (16.04) ainda não existem nos sites espelho do ubuntu. Existe um método alternativo para atualizar o R ​​para 3.5.0 no ubuntu xenial? Como alternativa, existe um método diferente para atualizar o R ​​para 3.5.0?

16.04 software-installation r Larry
fonte
1
Você já deu uma olhada nesta explicação passo a passo ? O autor não diz explicitamente em qualquer lugar, mas estas são instruções para a instalação 3.5
Hee Jin
Tente aqui: askubuntu.com/questions/862403/…
valiano
1
@ Emily: O passo a passo ao qual você vinculou é sobre a instalação do R a partir da fonte.
krlmlr
1
Valiano @: Isso responde a uma pergunta diferente.
krlmlr

Respostas:

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Atualmente, o R 3.5 está disponível apenas em um PPA, porque alguns dos pacotes do CRAN têm problemas ao criar com o R 3.5.

Prossiga por sua conta e risco.

O procedimento que funcionou para mim é:

  1. Remova todos os r-cran-*pacotes do seu sistema (YMMV, geralmente estou instalando pacotes da fonte e tenho muito poucos)

    • Pesquisar com dpkg -l | grep r-cran-

  2. Adicione o PPA de Michael Rutter :

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update

  3. Upgrade R

    sudo apt install r-api-3.5

  4. Instale todos os pacotes necessários da fonte (para uma biblioteca pessoal ou do site via install.packages()) ou instalando o r-cran-*pacote Ubuntu correspondente .

    Eu uso o seguinte script para reinstalar todos os pacotes meus pacotes da minha biblioteca pessoal do site para R 3.4:

    installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
new <- setdiff(pkgs, installed)
new
install.packages(new)

    Se você possui uma máquina com várias CPUs, pode acelerar o processo, por exemplo:

    install.packages(new, Ncpus = 6)

Referências

krlmlr
fonte
3
O método acima funcionou totalmente corretamente para mim. (Obrigado ao Krlmlr.) Duas sugestões adicionais para quem não tem experiência com o Ubuntu: 1. Remova os pacotes r-cran- * anteriores com: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Após adicionar o PPA de Michael Rutter, lembre-se de executar: sudo apt-get update
Larry
O método acima funcionou totalmente corretamente para mim. (Obrigado ao Krlmlr.) Duas sugestões adicionais para quem não tem experiência com o Ubuntu: 1. Remova os pacotes r-cran- * anteriores com: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Após adicionar o PPA de Michael Rutter, lembre-se de executar: sudo apt-get update antes de executar: sudo apt install r-api-3.5
Larry
@ Larry: Obrigado. Você pode editar a postagem?
precisa saber é o seguinte
@krlmlr Sugiro que você remova Ncpus = 6da resposta. Isso pode levar a lentidões inesperadas, especialmente para pessoas que (i) não leem o código completamente antes de copiar / colar; e (ii) fará isso em um computador pessoal. A opção também não é necessária para a resposta.
Fridaymeetssunday
1
@fridaymeetssunday: comentário adicionado. Concorde que Ncpus = 6pode ser lento em máquinas fracas, mas ninguém deve copiar e colar sem ao menos digitalizar o código.
krlmlr
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O site do CRAN foi atualizado desde a resposta do @ krlmlr no início de junho: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .

As instruções CRAN têm várias etapas, mas o resumo é que o sources.listarquivo deve fazer referência a um repositório específico da versão 3.5.x e 3.6.x. A entrada é algo como

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

em vez da entrada anterior (sem versão) de

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

A descrição relevante do site (que eventualmente será alterada):

Os pacotes R 3.6 para Ubuntu no i386 e amd64 estão disponíveis para as versões mais estáveis ​​de desktop do Ubuntu até a data oficial de término da vida útil. No entanto, apenas a versão mais recente do Suporte a Longo Prazo (LTS) é totalmente suportada. Em 18 de novembro de 2018, as versões suportadas são Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic Cuttlefish (18.10) e Disco Dingo (19.04). Observe que, para instalar pacotes R 3.6, é necessária uma entrada diferente sources.list. Veja abaixo para detalhes. Mesmo que o R tenha migrado para a versão 3.6, para compatibilidade, a entrada sources.list ainda usa a designação cran3.5.

edit 2019-05-13: atualização para o lançamento do mês passado do R 3.6.0.

Wibeasley
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2

A xenial-cran35/versão do repositório NÃO funciona se você tiver uma "versão padrão" definida no apt, como é o caso de algumas distros que funcionam sobre o Ubuntu, como o Mint. Para minha distribuição do Mint, existe um arquivo /etc/apt/apt.conf.d/01ubuntudentro do qual ele declara o Default-Release "xenial"; que isso significa é que, como o r-base existe no repo ubuntu na versão 3.2, com o release "xenial", ele nunca usará o ramo 3.6 do diretório outro repo, porque o nome do release desse repo é "xenial-cran35". Você precisa editar esse arquivo para alterar a versão padrão para "xenail-cran35" ou fazer algo mais específico usando os arquivos de preferência do apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ).

Isso é basicamente culpa do R por ter um repositório mal formatado. Eles deveriam ter 2 repos, cada um com uma pasta de lançamento "xenial", um URL para o trabalho de ramificação 3.2 e um para o trabalho de ramificação 3.5+. Em vez disso, eles têm um repositório e bastardizaram o "nome do release", que funciona como o Ubuntu base, mas não funcionará se você tiver uma configuração não básica do apt dessa maneira.

Scott
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Isso precisa ser feito da seguinte maneira:

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

'biion' pode ser alterado para sua versão do ubuntu; verifique os documentos do R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

/programming//a/56378217/4549682

wordsforthewise
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