Você pode, mas a janela precisa ter uma classe / nome / título / ID exclusivos ou algo do tipo ao qual você possa se referir.
Inicie as configurações do Compiz:
% ccsm
Selecione o plugin "Place Windows"
Verifique se está ativado
Selecione a guia "Posicionamento fixo da janela"
Em seguida, clique em "Novo" em "Windows com posições fixas".
Agora você precisa especificar quais janelas têm quais posições fixas. Clique no sinal de "+" para abrir uma caixa de diálogo de seleção de janela. Isso permitirá que você especifique a janela por classe / título / etc. Você pode escolher um dos tipos e agarrar a janela para ver qual é o seu valor. se for algo único, você pode usar para veiculação. Você pode adicionar várias condições e, assim, acabar com combinações interessantes, como:
(class=myterminal) & title=one
Em seguida, especifique suas posições X e Y, salve-a e feche o gerenciador de configurações. Na próxima vez que você colocar uma janela que se encaixe na definição especificada, ela deve ser colocada no local apropriado (talvez seja necessário 'compiz --place', embora eu duvide).