Estou usando o Xmonad com Unity no Ubuntu 12.04 e está funcionando bem. Não uso o painel do iniciador - eu o oculto na área de trabalho 9 -, mas uso o painel superior. Eu acredito que você pode usar o iniciador, se quiser.
Esteja ciente de que o Xmonad não suporta renderização 3D - portanto, você precisará usar a versão 2D do Unity no Ubuntu 12.04, que é diferente da versão 3D em alguns aspectos.
Siga as instruções aqui:
http://www.haskell.org/haskellwiki/Xmonad/Using_xmonad_in_Unity_2D
Eu recomendo configurar o Nautilus para desativar os ícones da área de trabalho. Caso contrário, você terá artefatos de renderização horríveis se estiver usando várias telas: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1882688
O procedimento será diferente no Ubuntu 12.10, pois o Unity 2D não está mais disponível nessa versão. No entanto, a versão 3D do Unity tem suporte de fallback para gerenciadores de janelas 2D em 12.10; para que você possa ter uma experiência realmente mais próxima da versão 3D comum.
Caso você esteja interessado, minha configuração do Xmonad está aqui: https://github.com/hallettj/config_files/blob/master/.xmonad/xmonad.hs
Atualização 2012-12-02: Atualizei para o Ubuntu 12.10 e não consegui fazer com que o Xmonad funcionasse com a nova versão do Unity, afinal. Acontece que o Unity 2D foi projetado de maneira diferente, na medida em que implementou o painel como um componente separado que poderia ser usado com qualquer gerenciador de janelas. Embora a nova versão do Unity tenha um modo de fallback para máquinas que não suportam a aceleração gráfica, ela não possui o mesmo design modular.
Eu mudei para o Xmonad com o Gnome Classic. Já estou sentindo falta da barra de menus integrada que o Unity forneceu :(
