Comparar árvore de diretórios

Existe uma ferramenta que compara a árvore de diretórios (arquivos sub diretórios) e mostra o que está faltando. Também tenho um upload que estou codificando e gostaria de ver se ele não mexe com a estrutura.

Nada grande me mostra como o diretório X se compara ao Y

Para esclarecer mais aqui está um exemplo

A árvore

Dir1+
     +Subdir1
     +sudir2
        +File1
        +File2

e a arvore

Dir1+
     +Subdir1
     +sudir2
        +File1
        +File2

são iguais mas árvore

Dir1+
     +Subdir1
     +sudir2
        +File1
        +File2

e árvore

Dir1+
     +Subdir1
     +sudir2
        +File1
        +File3

Deve me mostrar que o Arquivo2 está ausente e o Arquivo3 foi adicionado.

Existe uma ferramenta desse tipo?

Uma abordagem menos técnica seria usar o software de sincronização da GUI, como o FreeFileSync (comparação e sincronização visual de pastas)

Há um ppa na barra de ativação :

Coloque estas linhas em um terminal:

sudo add-apt-repository ppa:freefilesync/ffs
sudo apt-get update
sudo apt-get install freefilesync

Estou usando essa ferramenta há alguns anos para fazer backup e / ou sincronizar pastas no Windows e no Ubuntu.

Veja esta captura de tela que eu configurei exibindo o que faria na sua situação:

Meld é uma ferramenta gráfica diff muito boa (e mais):

meld dir1 dir2 &

diff também pode comparar árvores de diretório.

diff <dir1> <dir2>

Ou se você não quiser ver as diferenças de conteúdo dos arquivos:

diff -q <dir1> <dir2>

Algumas ferramentas gráficas disponíveis nos repositórios do Ubuntu: dirdiff, fldiff, kdiff3, meld, mgdiff.