Não faz sentido manter uma máquina virtual específica e alterar o sistema operacional por dentro - remova a VM e crie uma nova:
Virtual Box Manager
Na interface gráfica do Virtual Box, podemos remover facilmente uma máquina virtual selecionando a máquina a ser removida e vá para a entrada do menu "Máquina -> Remover" ou escolha "Remover" no menu de contexto do botão direito.
Ser-lhe-á perguntado se queremos apenas remover a máquina (ou seja, cancelar o registro) ou se queremos também "Excluir todos os arquivos" . Este último removerá completamente a máquina virtual com todos os arquivos da nossa unidade.
Linha de comando
Isso também pode ser feito na linha de comando com o seguinte comando:
VBoxManage unregistervm --delete "<Name of Machine>"
Ao fazer isso, os seguintes arquivos serão excluídos:
- todos os arquivos de imagem do disco rígido, incluindo arquivos diferenciais, usados pela máquina e não compartilhados com outras máquinas;
- arquivos de estado salvos que a máquina criou, se houver (um se a máquina estava no estado "salvo" e um para cada instantâneo on-line);
- o arquivo XML da máquina e seus backups;
- os arquivos de log da máquina, se houver;
- o diretório da máquina, se estiver vazio depois de excluir todas as opções acima.
Fonte: Manual da Caixa Virtual