O Mysql não pôde gravar em / tmp e falhou ao reiniciar

Eu estava executando o orthomclprograma que usa mysql. Este programa funcionou muito bem no mesmo computador antes. Dessa vez, recebi uma mensagem de erro.

DBD::mysql::st execute failed: Can't create/write to file '/tmp/#sql_700_1.MYI' (Errcode: 13) at /usr/local/bioinf/orthomclSoftware-v2.0.9/bin/orthomclPairs line 709, <F> line 14.

Eu tentei reiniciar o mysqlservidor, o servidor desligou, mas falhou ao iniciar.

sudo service mysql start
start: Job failed to start

/var/log/mysql/error.loge /var/log/mysql.errestão vazios. Eu tentei algumas coisas que eu encontrei aqui, incluindo purga e reinstalar mysql-servere remoção ib_logfile*em /var/lib/mysql.

A outra coisa que tentei é

sudo dpkg-reconfigure mysql-server-5.5

As mensagens de erro são:

/usr/sbin/mysqld: Can't create/write to file '/tmp/ibNzqwO0' (Errcode: 13)
InnoDB: Error: unable to create temporary file; errno: 13
[ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
[ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
[ERROR] Unknown/unsupported storage engine: InnoDB
[ERROR] Aborting

Aqui estão algumas informações de dmesg | grep mysql:

[3115187.338273] init: mysql main process (44255) terminated with status 1
[3115187.338417] init: mysql main process ended, respawning
[3115187.356361] init: mysql post-start process (44256) terminated with status 1
[3116827.473256] type=1400 audit(1396394069.224:132): apparmor="DENIED" operation="open" parent=45387 profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/tmp/" pid=45396 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
[3116827.582489] type=1400 audit(1396394069.332:133): apparmor="DENIED" operation="mknod" parent=45387 profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/tmp/#sql_b154_0.MYI" pid=45402 comm="mysqld" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=0 ouid=0
[3116827.908448] type=1400 audit(1396394069.660:134): apparmor="DENIED" operation="mknod" parent=45317 profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/tmp/ibbPfaqP" pid=45415 comm="mysqld" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=118 ouid=118
[3116841.623608] type=1400 audit(1396394083.372:139): apparmor="STATUS" operation="profile_replace" name="/usr/sbin/mysqld" pid=45443 comm="apparmor_parser"
[3116841.771621] init: mysql pre-start process (45474) terminated with status 1

Havia muitas linhas assim.

Alguém poderia me ajudar a descobrir o que há de errado com o meu servidor MySQL, por favor?

Muito Obrigado.

A razão para isso é que você /tmpestá vinculado a outro local /home/tmp,. Mas o MySQL é blindado pelo AppArmor, que não permite escrever livremente /home/tmp. Para remediar a situação, você pode editar /etc/apparmor.d/abstractions/user-tmpe adicionar o /home/tmplocal adequadamente; para mim as linhas extras

  owner /home/tmp/**    rwkl,
  /home/tmp/            rw,

fez o truque.

Parece que você não tem as permissões corretas /tmp, o que deve ser gravável mundialmente. Você deve poder corrigi-lo com este comando:

sudo chmod 1777 /tmp

Isso definirá as permissões para 777(rwx para todos) e também definirá o bit adesivo recomendado para o /tmpdiretório. Como explicado em man chmod:

BANDEIRA DE EXCLUSÃO RESTRITA OU BOCADO PEGAJOSO

O sinalizador de exclusão restrita ou bit fixo é um bit único, cuja interpretação depende do tipo de arquivo. Para diretórios, impede que usuários sem privilégios removam ou renomeiem um arquivo no diretório, a menos que sejam proprietários do arquivo ou diretório; isso é chamado de sinalizador de exclusão restrita para o diretório e geralmente é encontrado em diretórios graváveis ​​em todo o mundo como / tmp. Para arquivos regulares em alguns sistemas mais antigos, o bit salva a imagem de texto do programa no dispositivo de troca, para que seja carregado mais rapidamente quando executado; isso é chamado de bit pegajoso.