No Ubuntu 14.04, a barra de título do meu aplicativo fica abaixo da barra de título principal do Unity.
Na imagem abaixo, a janela selecionada é do Download Manager, mas sua barra de título está oculta na barra de título superior da unidade.
Acho que esse problema ocorre com aplicativos da Web e aplicativos independentes.
Idealmente, deve ficar assim:
Isso me parece um bug sutil que parece ocorrer aleatoriamente no meu caso. Para contornar isso, redimensionar a janela a partir da borda inferior corrige o problema.
Coloque o cursor na parte inferior da janela do aplicativo para alterá-lo para o modo redimensionar; e arraste o mouse para a borda inferior da tela. Isso tornaria a barra de título visível novamente.
A captura de tela é usada no Ubuntu GNOME, mas é assim que o cursor também ficaria no caso do Unity.