Metacity é o gerenciador de janelas - a parte superior das janelas que possui os botões minimizar, maximizar e fechar. No Ubuntu 11.04 e versões anteriores, você pode personalizar seus temas para alterar apenas essa parte do tema.
O tema GTK é o tema geral que lida com coisas como a cor do painel, os planos de fundo para janelas e guias, como o aplicativo ficará quando estiver ativo versus inativo, botões, caixas de seleção etc. A maioria dos pacotes de temas também inclui um Metacity tema para que tudo pareça integrado.
Um tema Emerald é como um tema de metacidade, mas é usado quando você está usando o Compiz para lidar com o gerenciamento de janelas. O Compiz pode fazer coisas visualmente mais interessantes do que temas comuns.
Observe que o shell do Gnome usa "mutter" como seu gerenciador de janelas, que é o Metacity implementado usando o kit de ferramentas Clutter. Metacidade + desordem = murmurar. :)