Também não é específico para os sinápticos. Eu vejo pacotes duplicados na lista com o aptitude (lol, eu apenas tentei preencher automaticamente isso com tab!), Mas não com o [novo] muon no Kubuntu 11.10 (onírico) que parece ocultar isso. Suponho que todos estejam usando o apt nos bastidores ou alguma biblioteca que esteja compilando a lista de pacotes.
Minha atualização não correu bem, isso me causou problemas; parece que a aptidão não está configurada para lidar com isso.
Consegui corrigi-lo assim:
sudo nano /etc/dpkg/dpkg.cfg.d/multiarch
Use um # para comentar a única linha que faz a leitura #foreign-architecture i386
.
Agora o aptitude vê apenas os pacotes de arquitetura nativa.
Novamente, essa não é uma resposta específica, mas corrige o problema que você apresenta na IMO.