Software organizador - onde está o sistema de arquivos?

Eu acho que também é uma questão de gosto pessoal, mas como estou começando com uma nova instalação da 10.10, pensei que dessa vez manteria meu sistema mais organizado.

Qual é / são os locais convencionais para armazenar software e aplicativos?

Tenho algumas coisas que uso git(por exemplo bioperl), existem alguns aplicativos que simplesmente baixo e extraio para algum lugar (por exemplo eclipse) e, obviamente, instalo o software usando apt-get.

Onde é o lugar convencional para colocar tudo isso?

Para o software instalado via gerenciamento de pacotes, você não precisa se preocupar onde ele está instalado, você o gerenciará apenas com alguns softwares de gerenciamento de pacotes, como apt-get, aptitude ou synaptic.

Os locais habituais são, como já mencionado por txwikinger, /opte /usr/local. Geralmente, eu colocava o software no qual eu me compilava /usr/local, pois essa já possui a estrutura de diretórios usual (bin, lib, ...). Grande software que espera um diretório próprio em que eu instale /opt, acho que essa é a intenção original dessa pasta.

Também estou usando uma pasta para aplicativos pequenos e independentes na minha pasta pessoal para alguns aplicativos, principalmente porque minha pasta pessoal está em uma partição separada que eu mantenho ao reinstalar o sistema. Portanto, não preciso instalar esses aplicativos novamente.

Os locais tradicionais para instalar software adicional são /optou usr/localConsulte também a outra pergunta semelhante

como todo mundo disse, o gerenciador de pacotes colocará as coisas onde elas precisam.

Eu costumo ter uma pasta de projetos / onde faço check-out dos meus projetos git aleatórios.

O Eclipse gosta de manter seus projetos no espaço de trabalho / Dependendo de quanto desenvolvimento eu faço no Eclipse, eu faria algo como $ HOME / workspaces / {AndroidStuff, CrazyRandomIdeas}, dependendo se as coisas em que estou trabalhando devem estar em seu próprio espaço de trabalho ou é um projeto pequeno.

Além disso, ocasionalmente eu gosto de instalar coisas no meu $ HOME, já que estou apenas brincando com as coisas e não quero poluir meu sistema de arquivos, o que costumo colocar em $ HOME / local. Novamente, este é apenas o meu estilo ... mas acabo com

 $HOME/
      bin/  -->symlinks to binaries I installed locally and added to $PATH
      local/  --> local installs of applications, libs etc. 
      projects/  --> git check/svn checkouts etc of random code. 
      workspace/ --> eclipse stuff.

Tente não instalar nada no seu sistema de arquivos raiz (/), a menos que você o empacote. É um problema real desinstalar as coisas (sempre há uma instalação de make, mas raramente você faz uma desinstalação de make). Além disso, esse é o objetivo de um sistema de empacotamento, para acompanhar seus programas, arquivos, configurações, etc.