Você não pode matar os threads do kernel ou qualquer processo bloqueado no estado D, porque os sinais são entregues apenas quando o kernel retorna ao modo de usuário. Além da limitação técnica da entrega do sinal, matar um encadeamento no meio do código do kernel corromperia o sistema, pois o código do kernel pode conter um recurso importante no momento, como um bloqueio de rotação ou mutex, e matá-lo impediria aqueles recursos sejam liberados.
Se você tiver um processo que está parado no estado D por um período prolongado, há um bug no kernel. Veja https://wiki.ubuntu.com/KernelTeam/KernelTeamBugPolicies para obter dicas sobre como denunciá-lo.