Como você mencionou o RJ11, isso provavelmente significa que você possui um modem padrão em seu computador, normalmente significa que você precisa de um softphone às vezes chamado de aplicativo de telefonia que usa o modem para aceitar e iniciar chamadas usando PSTN.
Se você pode encontrar qualquer aplicativo para Ubuntu que possa instalar e executar corretamente, o que você pede pode funcionar, eu não conheço nenhum aplicativo para o qual eu possa apontar e se você tiver sorte de encontrar algo, provavelmente será muito velho.
O que está acontecendo hoje em dia é que os softphones baseados em VOIP, como Skype e Ekiga, se concentraram, esses telefones usam métodos baseados em pacotes para se comunicar, o que significa que eles usam sua conexão com a Internet para enviar e receber pacotes em oposição a uma rede comutada.
Quando você diz que tudo funciona bem, suponho que você também queira dizer o modem, enfim. Se você não possui um aplicativo de telefonia que usa PSTN em execução ou o modem não funciona com o Ubuntu, então não.