Eu tive o mesmo problema com a nova instalação do 17.10 ao abrir uma nova janela do Nautilus usando o atalho CTRL + N. Evito essa mensagem criando um atalho adicional para o Nautilus:
- Vá para as configurações do teclado, você verá a lista de atalhos do teclado.
- Clique no botão "+" na parte inferior da lista para criar um novo atalho.
Crie um novo atalho preenchendo os parâmetros solicitados:
Name = Open nautilus (or any other name you want)
Command = nautilus (like when you open nautilus from terminal)
Shortcut = Press the "Set Shortcut..." button and press **CTRL+M** (or any other combination you want).
Após definir o novo atalho para CTRL + M, feche as configurações do teclado e o novo atalho abrirá o nautilus sem o erro "x-nautilus-desktop: ///" apontando para sua pasta pessoal.
Espero que isto ajude.
EDIT (AVISO): A solução descrita ajuda a evitar o erro mencionado, mas não a solucionar o erro. Se você tentar substituir o atalho CTRL + N que substituirá o atalho para qualquer outro aplicativo. Isto é, por exemplo, após a substituição de CTRL + N no Google Chrome abrir uma nova janela do Nautilus e não uma nova janela do Chrome. No meu caso, defino a nova janela do Nautilus como CTRL + M. Isso não resolve o erro "x-nautilus-desktop: ///", mas é uma solução alternativa. Se você definir um novo atalho para a nova janela do Nautilus como CTRL + M, se você usar CTRL + N, ainda assim o erro será mencionado.
INFORMAÇÃO ADICIONAL :
Você pode definir o parâmetro param para abrir o nautilus em qualquer diretório que desejar, por exemplo: Command = nautilus ~/Downloads
abrirá o nautilus no diretório Downloads quando CTRL + M for usado como atalho.
Erro relatado:
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/nautilus/+bug/1710931