Estou tentando instalar o pacote python rpy2com pip install no Ubuntu 16.04:

pip install rpy2==2.2.7

mas receba a mensagem de erro (veja a saída completa abaixo):

Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/

O mesmo acontece com outros pacotes, como pip install unrollou usando pip2. Eu pensei que este post era o mesmo problema, mas é resolvido usando o sudo.

Soluções experimentadas

Tentei soluções neste posto , como: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptoolsou sudo apt-get install python-setuptools, mas sem sucesso.

informações sobre python / pip

Alguém sugeriu que eu poderia ter uma instalação python / pip estranha, aqui estão algumas informações:

sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f 
/usr/bin/python2.7   
/usr/local/bin/pip  
/usr/local/bin/pip2  

sudo python --version   
Python 2.7.12  

sudo pip --version  
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)  
/usr/bin/pip2 --version  
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov  8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip

Saída de erro completa

pip install rpy2 == 2.2.7  
Coletando rpy2 == 2.2.7 Usando rpy2-2.2.7.tar.gz em cache  
    Saída completa do comando python setup.py egg_info:
    rodando egg_info
    criando pip-egg-info / rpy2.egg-info
    escrevendo pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO
    escrevendo nomes de nível superior em pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt
    escrevendo dependency_links em pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt
    escrevendo o arquivo de manifesto 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt'
    Traceback (última chamada mais recente):
      Arquivo "", linha 1, em 
      O arquivo "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", linha 462, em 
        [os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])],
      Arquivo "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", linha 151, na configuração
        dist.run_commands ()
      Arquivo "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", linha 953, em run_commands
        self.run_command (cmd)
      Arquivo "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", linha 972, no comando run_command
        cmd_obj.run ()
      Arquivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
linha 280, em execução
        self.find_sources ()
      Arquivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
linha 295, em find_sources
        mm.run ()
      Arquivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
linha 526, em execução
        self.add_defaults ()
      Arquivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
linha 562, em add_defaults
        sdist.add_defaults (self)
      Arquivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
linha 36, ​​em add_defaults
        self._add_defaults_ext ()
      Arquivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
linha 119, em _add_defaults_ext
        build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext')
      Arquivo "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", linha 312, no comando get_finalized_command
        cmd_obj.ensure_finalized ()
      O arquivo "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", linha 109, em
        self.finalize_options ()
      O arquivo "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", linha 155, em finalize_options
        config + = get_rconfig (r_home, sobre)
      Arquivo "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", linha 319, em get_rconfig
        rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty)
      Arquivo "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", linha 279, em from_string
        + '\ nna sequência \ n' + sequência)
    ValueError: substring inválido
    -fopenmp
    na corda
    -Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolic-funções -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm

O comando "python setup.py egg_info" falhou com o código de erro 1 em / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 /

instalação do pip desenrolar
Coletando desenrolar Usando o cache unroll-0.1.0.tar.gz
    Saída completa do comando python setup.py egg_info:
    Fazendo o download de http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz
    Traceback (última chamada mais recente):
      Arquivo "", linha 1, em 
      O arquivo "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", linha 2, em 
        ez_setup.use_setuptools ()
      Arquivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", linha 145, em use_setuptools
        retornar _do_download (versão, download_base, to_dir, download_delay)
      Arquivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", linha 124, em _do_download
        to_dir, download_delay)
      Arquivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", linha 193, em download_setuptools
        src = urlopen (url)
      O arquivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", linha 154, em urlopen
        retornar opener.open (url, dados, tempo limite)
      Arquivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", linha 435, em aberto
        response = meth (req, resposta)
      Arquivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", linha 548, em http_response
        'http', solicitação, resposta, código, msg, hdrs)
      Arquivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", linha 473, com erro
        retornar self._call_chain (* args)
      Arquivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", linha 407, em _call_chain
        resultado = func (* args)
      Arquivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", linha 556, em http_error_default
        aumentar HTTPError (req.get_full_url (), código, msg, hdrs, fp)
    urllib2.HTTPError: Erro HTTP 403: SSL é necessário

O comando "python setup.py egg_info" falhou com o código de erro 1 em tmp / pip-
build-QimGjp / unroll /

Atualize setuptoolsusandopip

A versão do python-setuptoolsrepositório de pacotes do Ubuntu 16.04 LTS está desatualizada / sem manutenção. Atualize-o com, em pipvez de confiar no gerenciador de pacotes:

$ sudo pip install --upgrade setuptools

Solução que tomei para minha própria pergunta: as respostas propostas não resolveram o problema, então acabei usando conda, criando um ambiente específico para o pacote de que precisava, e isso funcionou! Esta não é a melhor solução, especialmente porque requer a instalação de uma versão paralela (pode-se usar miniconda para espaço), mas é prática!

A atualização setuptoolsnão resolveu meu problema. No entanto, dizer ao pip para atualizar-se fez.

O comando a seguir resolveu meu problema ( desta resposta )

pip install --upgrade pip

você precisa obter ferramentas de configuração e provavelmente módulos dev digite o seguinte

sudo apt-get install python-setuptools
sudo apt-get install python-dev

pode fazer sentido atualizar o pip primeiro para garantir que não haja nada além de um bom funcionamento, digitando

sudo apt install python-pip

boa sorte