No meu sistema Debian, tenho minha /partição separada e montada read-only. Apenas /home/, /var/e /tmp/são graváveis. Também criei um Pre-Invokee Post-Invoke apt hook, para que aptpossa remontar automaticamente o sistema para gravação, quando os pacotes forem instalados ou atualizados e remontá-lo novamente read-onlyquando terminar:

DPkg::Pre-Invoke  {"mount -o remount,rw / ;};
DPkg::Post-Invoke {"mount -o remount    / ;};

Toda essa configuração funciona bem com uma exceção. Às vezes, durante o processo de instalação / atualização, alguns serviços precisam ser reiniciados ou novos arquivos abertos durante a janela curta quando meu /é montado read-write, esses arquivos são abertos com writepermissões. Após a conclusão da instalação / atualização, meu Post-Invokegancho retorna um erro porque não pode /voltar a remontar read-only.

Existe alguma maneira de resolver esse problema? Isso é muito chato, porque nessa situação geralmente devo reiniciar o servidor, o que é impraticável.

EDITAR

Abaixo está um log da minha atualização mais recente do pacote, que resultou no erro descrito:

root@alpha# apt-get upgrade 
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
The following packages will be upgraded:
  base-files curl libc-bin libc6 libcurl3 libcurl3-gnutls libmysqlclient18 libssl1.0.0 locales multiarch-support mysql-client mysql-client-5.5 mysql-common
  nscd openssl tzdata wget whois
18 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 1 not upgraded.
Need to get 18.7 MB of archives.
After this operation, 264 kB of additional disk space will be used.
Do you want to continue [Y/n]? 
Fetched 18.7 MB in 0s (33.2 MB/s) 
Preconfiguring packages ...
(Reading database ... 20532 files and directories currently installed.)
Preparing to replace base-files 7.1wheezy3 (using .../base-files_7.1wheezy4_amd64.deb) ...
Unpacking replacement base-files ...
Processing triggers for man-db ...
Processing triggers for install-info ...
Setting up base-files (7.1wheezy4) ...
Installing new version of config file /etc/debian_version ...
(Reading database ... 20532 files and directories currently installed.)
Preparing to replace libc-bin 2.13-38 (using .../libc-bin_2.13-38+deb7u1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libc-bin ...
Processing triggers for man-db ...
Setting up libc-bin (2.13-38+deb7u1) ...
(Reading database ... 20532 files and directories currently installed.)
Preparing to replace libc6:amd64 2.13-38 (using .../libc6_2.13-38+deb7u1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libc6:amd64 ...
Setting up libc6:amd64 (2.13-38+deb7u1) ...
(Reading database ... 20532 files and directories currently installed.)
Preparing to replace libssl1.0.0:amd64 1.0.1e-2+deb7u1 (using .../libssl1.0.0_1.0.1e-2+deb7u4_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libssl1.0.0:amd64 ...
Preparing to replace curl 7.26.0-1+wheezy7 (using .../curl_7.26.0-1+wheezy8_amd64.deb) ...
Unpacking replacement curl ...
Preparing to replace libcurl3:amd64 7.26.0-1+wheezy7 (using .../libcurl3_7.26.0-1+wheezy8_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libcurl3:amd64 ...
Preparing to replace libcurl3-gnutls:amd64 7.26.0-1+wheezy7 (using .../libcurl3-gnutls_7.26.0-1+wheezy8_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libcurl3-gnutls:amd64 ...
Preparing to replace mysql-common 5.5.33+dfsg-0+wheezy1 (using .../mysql-common_5.5.35+dfsg-0+wheezy1_all.deb) ...
Unpacking replacement mysql-common ...
Preparing to replace libmysqlclient18:amd64 5.5.33+dfsg-0+wheezy1 (using .../libmysqlclient18_5.5.35+dfsg-0+wheezy1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libmysqlclient18:amd64 ...
Preparing to replace multiarch-support 2.13-38 (using .../multiarch-support_2.13-38+deb7u1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement multiarch-support ...
Processing triggers for man-db ...
Setting up multiarch-support (2.13-38+deb7u1) ...
(Reading database ... 20532 files and directories currently installed.)
Preparing to replace tzdata 2013h-0wheezy1 (using .../tzdata_2013i-0wheezy1_all.deb) ...
Unpacking replacement tzdata ...
Setting up tzdata (2013i-0wheezy1) ...

Current default time zone: 'Europe/London'
Local time is now:      Sat Feb 15 11:35:41 CET 2014.
Universal Time is now:  Sat Feb 15 11:35:41 UTC 2014.
Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it.

(Reading database ... 20511 files and directories currently installed.)
Preparing to replace wget 1.13.4-3 (using .../wget_1.13.4-3+deb7u1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement wget ...
Preparing to replace locales 2.13-38 (using .../locales_2.13-38+deb7u1_all.deb) ...
Unpacking replacement locales ...
Preparing to replace whois 5.0.23 (using .../whois_5.1.1~deb7u1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement whois ...
Preparing to replace mysql-client 5.5.33+dfsg-0+wheezy1 (using .../mysql-client_5.5.35+dfsg-0+wheezy1_all.deb) ...
Unpacking replacement mysql-client ...
Preparing to replace mysql-client-5.5 5.5.33+dfsg-0+wheezy1 (using .../mysql-client-5.5_5.5.35+dfsg-0+wheezy1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement mysql-client-5.5 ...
Preparing to replace nscd 2.13-38 (using .../nscd_2.13-38+deb7u1_amd64.deb) ...
[ ok ] Stopping Name Service Cache Daemon: nscd.
Unpacking replacement nscd ...
Preparing to replace openssl 1.0.1e-2+deb7u1 (using .../openssl_1.0.1e-2+deb7u4_amd64.deb) ...
Unpacking replacement openssl ...
Processing triggers for install-info ...
Processing triggers for man-db ...
Setting up libssl1.0.0:amd64 (1.0.1e-2+deb7u4) ...
Setting up libcurl3:amd64 (7.26.0-1+wheezy8) ...
Setting up curl (7.26.0-1+wheezy8) ...
Setting up libcurl3-gnutls:amd64 (7.26.0-1+wheezy8) ...
Setting up mysql-common (5.5.35+dfsg-0+wheezy1) ...
Setting up libmysqlclient18:amd64 (5.5.35+dfsg-0+wheezy1) ...
Setting up wget (1.13.4-3+deb7u1) ...
Setting up locales (2.13-38+deb7u1) ...
Generating locales (this might take a while)...
  en_DK.UTF-8... done
  en_US.UTF-8... done
Generation complete.
Setting up whois (5.1.1~deb7u1) ...
Setting up mysql-client-5.5 (5.5.35+dfsg-0+wheezy1) ...
Setting up mysql-client (5.5.35+dfsg-0+wheezy1) ...
Setting up nscd (2.13-38+deb7u1) ...
[ ok ] Starting Name Service Cache Daemon: nscd.
Setting up openssl (1.0.1e-2+deb7u4) ...
mount: / is busy

A última linha ( mount: / is busy) é o erro retornado pelo apt, ao tentar remontar de /volta para read-only.

ATUALIZAR:

o comando sugerido por Graemenão mostra nenhum arquivo:

# lsof / | awk 'NR==1 || $4~/[0-9][uw]/'
COMMAND     PID       USER   FD   TYPE DEVICE SIZE/OFF   NODE NAME

Meu palpite é que não são apenas serviços, é o fato de você ter outros sistemas de arquivos, como / home e / var, montados dentro do sistema de arquivos raiz. Além disso, a melhor solução que eu poderia encontrar está descrita aqui:

https://sites.google.com/site/linuxpendrive/rorootfs

Procure a seção intitulada Como instalar / desinstalar pacotes em um sistema de arquivos somente leitura? Em poucas palavras, envolve remontar o sistema de arquivos de destino e depois fazer o chroot na nova montagem, antes de usar o gerenciador de pacotes.

A sugestão, descrita em uma das outras respostas, faz suposições sobre o que acontece quando o sistema de arquivos raiz é remontado rw para atualizações de pacotes, portanto esta solução pode não funcionar realmente com o Debian, se o Debian exibir um comportamento diferente do que é assumido. Mas ei, vale a pena tentar, eu acho ...

Para chegar mais perto de uma resposta definitiva, precisamos ver quais arquivos estão causando o mount: / is busyerro. Você poderia fazer isso com:

lsof / | awk 'NR==1 || $4~/[0-9][uw]/'

Veja minha resposta à outra pergunta do OP - lsof: show files open as read-write - para as ressalvas. Pode ser que você precise colocar isso em um script separado e colocá-lo no gancho do apt para ver algo.

Minha suspeita é que os arquivos em /etcpermanecem abertos quando os serviços são iniciados. Alguns programas / daemons atualizam sua configuração dinamicamente. NetworkManagere cupsdsão dois exemplos. As atualizações cupsque causam cupsda verificação de novas impressoras (em oposição a um dpkgscript de configuração) podem muito bem estar causando o problema. Eu recomendo que você /etcinstale um sistema de arquivos gravável, mesmo que não seja a fonte do seu problema.

Outra possibilidade é que o buffer do sistema de arquivos ainda esteja sendo liberado para o disco quando você tenta fazer a remontagem. Não sei ao certo qual é o comportamento mountaqui, seja para bloquear até a conclusão do IO ou para falhar e relatar o disco como ocupado. O primeiro parece mais provável, mas não vejo syncchamadas na saída de strace(embora possivelmente a mountchamada do sistema faça isso). De qualquer forma, pode funcionar para fazer um syncantes da remontagem se o lsofacima não mostrar nada, por exemplo:

DPkg::Post-Invoke { "sync; mount -o remount /"; };