Chamar Syscalls do Java

Existe uma maneira de chamar syscalls diretamente do Java ou é necessário chamar primeiro um método nativo?

Você precisa usar um método nativo, mas não precisa implementá-lo. O Java tem uma variação no JNI chamada JNA (Java Native Access) , que permite acessar bibliotecas compartilhadas diretamente, sem a necessidade de uma interface JNI envolvida por elas, para que você possa usá-lo para fazer a interface diretamente com o glibc:

import com.sun.jna.Library;
import com.sun.jna.Native;

public class Test {
    public interface CStdLib extends Library {
        int syscall(int number, Object... args);
    }

    public static void main(String[] args) {
        CStdLib c = (CStdLib)Native.loadLibrary("c", CStdLib.class);

        // WARNING: These syscall numbers are for x86 only
        System.out.println("PID: " + c.syscall(20));
        System.out.println("UID: " + c.syscall(24));
        System.out.println("GID: " + c.syscall(47));
        c.syscall(39, "/tmp/create-new-directory-here");
    }
}

É necessário usar um método nativo ou uma biblioteca que faça isso para você.