Extração de arquivos .gz contidos em uma pasta

Eu tenho uma pasta que contém aproximadamente 320116 arquivos .pdb.gz. Eu quero descomprimir todos eles. Se eu usar o gunzip * .gz, ocorrerá um erro, ou seja, a lista de argumentos é muito longa. A pasta tem cerca de 2 GB. Por favor, me dê uma sugestão apropriada.

find . -name '*.pdb.gz' -exec gunzip {} +

-exec gunzip {} +fornecerá gunzipmuitos, mas não muitos, nomes de arquivos em sua linha de comando. Isso é mais eficiente do -exec gunzip {} \;que inicia um novo gunzipprocesso para cada arquivo.

Sempre que você receber erros de "lista de argumentos muito longa", poderá contorná-lo invocando o comando desejado várias vezes, sempre com um subconjunto dos argumentos que deseja usar. xargsé uma ferramenta que ajuda você a fazer isso automaticamente.

find . -type f -a -name \*.pdb.gz -print0 | xargs -0 gunzip

Eu acho que isso deve funcionar, ele passa o caminho / nome de cada arquivo individualmente para gunzip para processamento:

find /my/dir -name "*.pdb.gz" -execdir gunzip "{}" \;

Tente desta maneira:

find . -name '*.gz' -exec gunzip {} \;

Se você possui uma máquina com vários núcleos, provavelmente verá que esse uso gunzipnão maximizará os recursos da sua máquina. Para isso, você precisaria executar vários gunzips em paralelo. Acompanhar o que é feito em que terminal é manualmente é complicado, mas você pode fazer isso facilmente com o GNU paralelo:

find . -name "*.gz" | parallel -X gunzip {}

Não é necessário usar findisso, pois você não mencionou subpastas. O que você precisa fazer é:

for f in *.gz;do gunzip $f;done