Antes de mudar para Wayland, eu minimizaria todas as janelas do GNOME Shell com o seguinte comando:

wmctrl -k on

... mas ambos wmctrle xdotoolsão aplicativos somente para X11. Qual comando da CLI posso usar para minimizar todas as janelas em uma sessão do GNOME Shell / Wayland?

Referências:

• Posso minimizar uma janela na linha de comando? (Pergunte ao Ubuntu)

TL; DR Você ainda pode fazer isso

Embora xdotooluse APIs X11 e, portanto, não funcione no Wayland, wmctrlinterage com o próprio ambiente de desktop. Portanto, embora seus comandos que exigem APIs X11 não funcionem, você ainda pode usar muitos wmctrlcomandos em uma sessão de Wayland, -k onincluída.

Testado no Arch Linux usando o GNOME Shell 3.30.2 e wmctrl1.07.