CentOS 6 tem 2.31.3; O CentOS 7 possui 3.14.3 (onde o recurso funciona). Não é um recurso novo, tendo sido introduzido em 2007 :
Bug 118967 - rolagem de linha única com "Ctrl + Shift + ArrowUp / ArrowDown"
enquanto a versão 2.31.3 data de 2010 (um atraso perceptível até para os lançamentos da empresa).
No entanto, ele não funciona com o CentOS 6 e, aliás, os logs de confirmação do git para vte e gnome-terminal não parecem mencionar quando foi corrigido. Da mesma forma, se houver um relatório de bug associado à alteração, é possível apontar quando o recurso foi quebrado.
O recurso também parece não ser configurável, como seria de esperar: não há atalho para essa combinação de teclas na caixa de diálogo Preferências.
Dado tudo isso, não há solução aparente no CentOS 6, e o recurso pode estar (ainda) funcionando no CentOS 7 quando você atualiza.