Não vejo nada que diga que aplicativos comerciais não são permitidos, mas também não vejo nada que diga que eles são permitidos.
Alguém pode encontrar algo definitivo?
As Diretrizes completas estão aqui: http://code.google.com/appengine/program_policies.html
Pelo que li, você pode usar o App Engine para fins comerciais. Pelo que li, o Google permite que você o use gratuitamente para ter uma ideia do que ele pode fazer. Existe um limite de uso específico
Um aplicativo em uma conta gratuita pode usar até 500 MB de armazenamento e até 5 milhões de visualizações de página por mês
encontrado em http://code.google.com/appengine/docs/whatisgoogleappengine.html .
Portanto, é gratuito para qualquer uso considerado legal dentro de suas políticas (sem spam, pornografia etc.) até o limite. Depois de ir além, você terá que pagar pelo seu uso.