Há uma preferência que você pode definir para que a composição de uma nova mensagem seja padronizada para uma caixa de correio específica em vez da caixa de correio selecionada no momento.
As respostas vão da conta para a qual a mensagem foi endereçada. Não sei ao certo como é o empate se os dois endereços forem incluídos ou copiados, mas você sempre poderá substituir a conta "de" clicando em seu nome / email no campo assunto.
Na janela de composição da mensagem, há uma lista suspensa acima do corpo da mensagem, à direita, para selecionar de qual endereço de email você está enviando. O padrão para isso depende da caixa de correio selecionada na janela principal de Mensagens. Parece que você está fazendo isso.
Se você tem certeza de que o que foi feito acima está certo, é possível que alguns filtros ou tags do Gmail estejam atrapalhando e fazendo com que pareça que a resposta chega à caixa de entrada de uma quando realmente está em outra.
Gostaria de verificar o webmail e ver se o problema também é visto lá. Nesse caso, é provável que você não esteja enviando da conta certa, mesmo que pense que está.