Como os cientistas apresentam os parâmetros e a topologia corretos do Modelo Hidden Markov para usar?

Entendo como um Modelo Markov Oculto é usado em sequências genômicas, como encontrar um gene. Mas não entendo como chegar a um determinado modelo de Markov. Quero dizer, quantos estados o modelo deve ter? Quantas transições possíveis? O modelo deve ter um loop? Como eles saberiam que seu modelo é...