Depende de quantos você possui e quantos estariam em uso a qualquer momento.
Eu dividiria da seguinte maneira:
Para cada "sprite" eu teria uma folha, cada seção WxH é um único quadro. Se houver apenas alguns estados, eu os manteria todos no mesmo arquivo de imagem e apenas faria um mapa de
- Caminhar é sprites 0-9
- Salto é 10-15
- Agachado é 15-20
Se você tiver muitos estados por sprite, consideraria dividir cada animação de estado em seu próprio arquivo.
Se você tiver apenas alguns sprites e alguns estados, talvez seja melhor simplesmente incluir tudo em um único arquivo de imagem e usar o mapeamento que tenho acima, mas incluí-lo por sprite. Isso manterá a quantidade de uso da memória no mínimo, já que você está direcionando o Android, a memória é um recurso premium e deve ser conservada sempre que possível.