Traçando mapas raster em python?

Estou tentando traçar um mapa raster usando Pyhton. A imagem não está sendo salva, embora apareça. Além disso, os pixels não estão aparecendo no local exato. Estou obtendo a imagem conforme mostrado abaixo (o que está errado, no entanto, a rotulação lat-lon está correta.) Abaixo está a...