Não sei por que apenas as pontas das setas aparecem no caminho, mas encontrei uma solução alternativa, que é converter sua seta em um caminho preenchido, que é um tipo de objeto mais simples do que uma linha traçada com um marcador.
Primeiro, selecione sua seta e clique em Path > Stroke to Path, que converterá sua seta em um grupo de dois objetos (a linha e a ponta da seta), 90% do que você precisa fazer. No entanto, algumas vezes essa conversão é um pouco complicada (veja a imagem abaixo, onde a linha se estende muito para a direita e mostra a frente da ponta da seta).
Para corrigir isso, use a ferramenta Nó ( F2) e selecione o eixo da seta e você deverá ver os nós aparecerem para edição. Selecione os nós no lado direito da linha em que ele aparece no lado direito da ponta da seta e use a tecla de seta esquerda ( ←) para mover os nós de volta ao corpo da ponta da seta.
Agora queremos mesclar esses dois objetos em um objeto composto. Selecione o grupo de 2 objetos e desagrupe-os ( Object > Ungroup). Em seguida, execute uma operação Union ( Path > Union) para mesclar os dois objetos. Você deve poder usar a ferramenta do nó ( F2) para confirmar que agora é um único objeto:
Agora você deve poder usar o Path Effect Editor
para colocar esse objeto no caminho. Em seguida, use a caixa de diálogo Preenchimento e traçado para estilizar as setas ao longo do caminho.