Como você gerencia a base de código subjacente para uma API com versão?

Tenho lido sobre estratégias de controle de versão para APIs ReST, e algo que nenhum deles parece abordar é como você gerencia a base de código subjacente. Digamos que estejamos fazendo várias alterações significativas em uma API - por exemplo, alterando nosso recurso Customer para que ele retorne...