Posso ter 1 núcleo de processador apenas para o meu programa?

Preciso calcular a diferença horária entre a borda do sinal alto -> baixo e baixo -> alto nos pinos GPIO. Eu escrevi um programa simples que faz isso. Depois de executá-lo por algum tempo, fiquei muito feliz com o resultado (variações de 0,01 s). Mas de tempos em tempos havia um erro de 0,5...