As diferenças técnicas estão bem resumidas neste SlideShare - http://www.slideshare.net/AmazonWebServices/amazon-aurora-amazons-new-relational-database-engine
É realmente uma arquitetura / implementação bem diferente, sob as coberturas do MySQL padrão, e uma que é fundamentalmente fechada.
A Amazon está sendo cautelosa com a extensão em que o front end é um derivado do MySQL ou uma reescrita completa compatível com o protocolo - consulte http://www.theregister.co.uk/2014/11/26/inside_aurora_how_disruptive_is_amazons_mysql_clone/?page= 2 - mas parece provável que seja pelo menos uma grande bifurcação com muitos códigos novos. Ele terá bugs diferentes dos principais lançamentos do MySQL, que os usuários dependerão da Amazon para corrigir. Um back-end de banco de dados transacional distribuído é algo complexo de se escrever e, embora a Amazon tenha alguns dos melhores engenheiros do mundo para esse tipo de sistema, ainda é bastante nova.
Ele conta com um back-end de armazenamento multilocatário específico da Amazon e o software atualizado não está disponível gratuitamente como código aberto, portanto você não pode simplesmente fazer o download e executar em seus próprios servidores. Pode divergir ao longo do tempo (por exemplo, anos) em termos de recursos funcionais suportados, o que significa que o código desenvolvido contra o Aurora pode não funcionar mais nas versões principais do MySQL, fornecendo o risco de maior bloqueio da Amazon.
Independentemente disso, especialmente se seu aplicativo precisar deles, o desempenho, o baixo atraso de réplica, a escalabilidade e as reduções no tempo de recuperação em relação ao MySQL padrão parecem bastante atraentes a curto prazo. O bloqueio e os custos são certamente muito mais baixos do que, por exemplo, com o Exadata da Oracle - que é realmente a classe de solução que a Amazon está buscando.
Com o Aurora, você também obtém integrações com outros serviços da AWS de maneira natural:
http://docs.aws.amazon.com/AmazonRDS/latest/UserGuide/Aurora.Integrate.html
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