Quais problemas tendem a surgir ao trabalhar com mensagens HL7?

Estou testando um produto para empresas de assistência médica e estamos trabalhando com mensagens HL7. Vi pessoas gemendo em outra pergunta sobre os problemas com o HL7, mas sem mencionar detalhes. Alguém pode me dar algumas idéias de quais questões ou classes de problemas devemos procurar...