Qual é a maneira "correta" de implementar a DI no .NET?

Estou procurando implementar injeção de dependência em um aplicativo relativamente grande, mas não tenho experiência nele. Estudei o conceito e algumas implementações de IoC e injetores de dependência disponíveis, como Unity e Ninject. No entanto, há uma coisa que está me iludindo. Como devo...