Estou executando um glmm com uma variável de resposta binomial e um preditor categórico. O efeito aleatório é dado pelo design aninhado usado para a coleta de dados. Os dados são assim:
m.gen1$treatment
[1] sucrose control protein control no_injection .....
Levels: no_injection control sucrose protein
m.gen1$emergence
[1] 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 0 0....
> m.gen1$nest
[1] 1 1 1 2 2 3 3 3 3 4 4 4 .....
Levels: 1 2 3 4 5 6 8 10 11 13 15 16 17 18 20 22 24
O primeiro modelo que eu corro fica assim
m.glmm.em.<-glmer(emergence~treatment + (1|nest),family=binomial,data=m.gen1)
Recebo dois avisos parecidos com este:
Warning messages:
1: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, :
Model failed to converge with max|grad| = 0.0240654 (tol = 0.001, component 4)
2: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, :
Model is nearly unidentifiable: large eigenvalue ratio
- Rescale variables?
O resumo do modelo mostra que um dos tratamentos tem um erro padrão incomumente grande, que você pode ver aqui:
Fixed effects:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 2.565 1.038 2.472 0.0134 *
treatmentcontrol -1.718 1.246 -1.378 0.1681
treatmentsucrose 16.863 2048.000 0.008 0.9934
treatmentprotein -1.718 1.246 -1.378 0.1681
Eu tentei os diferentes otimizadores do controle glmer e funções de outros pacotes e recebo uma saída semelhante. Eu executei o modelo usando glm ignorando o efeito aleatório, e o problema persiste. Ao explorar os dados, percebi que o tratamento com um alto padrão. O erro tem apenas sucessos na variável de resposta. Apenas para verificar se isso pode estar causando o problema, adicionei um ponto de dados falso com uma "falha" para esse tratamento e o modelo funciona sem problemas e gera um erro padrão razoável. Você pode ver isso aqui:
Fixed effects:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 3.4090 1.6712 2.040 0.0414 *
treatmentcontrol -1.8405 1.4290 -1.288 0.1978
treatmentsucrose -0.2582 1.6263 -0.159 0.8738
treatmentprotein -2.6530 1.5904 -1.668 0.0953 .
Fiquei me perguntando se minha intuição está certa sobre a falta de falhas para esse tratamento, impedindo uma boa estimativa, e como posso solucionar esse problema.
Desde já, obrigado!
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