lme4 e nlme são pacotes R usados para ajustar modelos de efeitos mistos lineares, lineares generalizados e não lineares. Para perguntas gerais sobre modelos mistos, use a tag [modelo misto].
Há muita discussão neste fórum sobre a maneira correta de especificar vários modelos hierárquicos usando lmer. Eu pensei que seria ótimo ter todas as informações em um só lugar. Algumas perguntas para começar: Como especificar vários níveis, em que um grupo está aninhado no outro: é...
Aqui está como eu entendi os efeitos aleatórios aninhados x cruzados: Os efeitos aleatórios aninhados ocorrem quando um fator de nível inferior aparece apenas dentro de um nível específico de um fator de nível superior. Por exemplo, alunos dentro das aulas em um ponto fixo no tempo. Em...
Se estivermos montando um glmer, podemos receber um aviso informando que o modelo está encontrando dificuldades para convergir ... por exemplo >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol =...
Ajustar uma regressão logística usando lme4 termina com Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Uma causa provável desse erro é aparentemente uma deficiência de classificação. O que é deficiência de classificação e como devo
Eu tenho encaixar alguns modelos de efeitos mistos (particularmente modelos longitudinais) usando lme4em Rmas gostaria de realmente dominar os modelos e o código que se passa com eles. No entanto, antes de mergulhar com os dois pés (e comprar alguns livros), quero ter certeza de que estou...
Eu uso lme4 em R para ajustar o modelo misto lmer(value~status+(1|experiment))) onde o valor é contínuo, status e experimento são fatores, e eu entendo Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911...
Recentemente, medi como o significado de uma nova palavra é adquirido em exposições repetidas (prática: dia 1 ao dia 10) medindo ERPs (EEGs) quando a palavra foi vista em diferentes contextos. Também controlei as propriedades do contexto, por exemplo, sua utilidade para a descoberta de novos...
Gostaria de saber se faz diferença na interpretação se apenas as variáveis dependentes, dependentes e independentes ou apenas as independentes são transformadas em log. Considere o caso de log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Eu posso interpretar o IV como o aumento percentual, mas como isso...
EDIÇÃO 2: Originalmente, pensei que precisava executar uma ANOVA de dois fatores com medidas repetidas em um fator, mas agora acho que um modelo linear de efeito misto funcionará melhor para meus dados. Acho que quase sei o que precisa acontecer, mas ainda estou confuso com alguns pontos. Os...
Numericamente derivar a MLE s de GLMM é difícil e, na prática, eu sei, não devemos usar a otimização de força bruta (por exemplo, usando optimem uma maneira simples). Mas, para meu próprio objetivo educacional, quero experimentá-lo para garantir a compreensão correta do modelo (veja o código...
Quero obter um intervalo de previsão em torno de uma previsão de um modelo lmer (). Eu encontrei alguma discussão sobre isso: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq mas eles parecem não levar em consideração a incerteza...
EffectsO pacote fornece uma maneira muito rápida e conveniente de plotar resultados lineares de modelo de efeito misto obtidos através do lme4pacote . A effectfunção calcula intervalos de confiança (ICs) muito rapidamente, mas quão confiáveis são esses intervalos de confiança? Por...
I recentemente realizado que um modelo-misturado com apenas sujeito como um factor aleatório e os outros factores, como factores fixos é equivalente a uma ANOVA quando definindo a estrutura de correlação do modelo misto de simetria composto. Portanto, eu gostaria de saber o que significa simetria...
Eu tenho dados coletados de um experimento organizado da seguinte maneira: Dois locais, cada um com 30 árvores. 15 são tratados, 15 são controle em cada local. De cada árvore, amostramos três pedaços do caule e três pedaços das raízes, de modo que 6 amostras de nível 1 por árvore são representadas...
Estou tentando entender quando usar um efeito aleatório e quando é desnecessário. Foi-me dito uma regra prática: se você tem 4 ou mais grupos / indivíduos, eu (15 alces individuais). Alguns desses alces foram experimentados 2 ou 3 vezes, para um total de 29 tentativas. Quero saber se eles se...
Quero ajustar um GLMM multinível com uma distribuição Poisson (com excesso de dispersão) usando R. No momento, estou usando o lme4, mas notei que recentemente a quasipoissonfamília foi removida. Já vi em outro lugar que você pode modelar a super dispersão aditiva para distribuições binomiais...
Fiquei me perguntando se alguém poderia me esclarecer sobre as diferenças atuais entre essas duas funções. Encontrei a seguinte pergunta: Como escolher a biblioteca nlme ou lme4 R para modelos de efeitos mistos? , mas isso data de alguns anos atrás. Essa é a vida inteira nos círculos de...
Espero que esta seja uma pergunta que alguém aqui possa responder sobre a natureza da decomposição de somas de quadrados de um modelo de efeitos mistos adequado lmer(do pacote lme4 R). Primeiramente, devo dizer que estou ciente da controvérsia ao usar essa abordagem e, na prática, seria mais...
Gostaria de obter um valor-p e um tamanho de efeito de uma variável categórica independente (com vários níveis) - que é "geral" e não para cada nível separadamente, como é o resultado normal de lme4R. É exatamente como a coisa que as pessoas relatam ao executar uma ANOVA. Como posso conseguir...
Em um modelo multinível, quais são as implicações práticas e relacionadas à interpretação de estimar versus não estimar parâmetros de correlação de efeito aleatório? A razão prática para perguntar isso é que, na estrutura anterior em R, não há método implementado para estimar valores de p por meio...