Estou trabalhando em um conjunto de dados para avaliar o impacto da secagem nas atividades microbianas dos sedimentos. O objetivo é determinar se o impacto da secagem varia entre os tipos de sedimentos e / ou profundidade dentro do sedimento.
O projeto experimental é o seguinte:
O primeiro fator Sedimento corresponde a três tipos de sedimentos (codificados Sed1 , Sed2 , Sed3 ).
Para cada tipo de sedimento, a amostragem foi realizada em três locais (3 locais para Sed1, 3 locais para Sed2, 3 locais para Sed3). O site está codificado: Site1 , Site2 , ..., Site9 .
O próximo fator é a hidrologia : dentro de cada local, a amostragem é realizada em um lote seco e em um lote úmido (codificado Seco / Molhado ).
Dentro de cada parcela anterior, a amostragem é realizada em duas profundidades( D1 , D2 ) em triplicado.
Há um total de n = 108 amostras = 3 sedimentos * 3 locais * 2 hidrologia * 2 profundidades * 3 réplicas.
Eu uso a função lme no R (pacote lnme) da seguinte maneira:
Sediment<-as.factor(rep(c("Sed1","Sed2","Sed3"),each=36))
Site<-as.factor(rep(c("Site1","Site2","Site3","Site4","Site5","Site6","Site7","Site8","Site9"),each=12))
Hydrology<-as.factor(rep(rep(c("Dry","Wet"),each=6),9))
Depth<-as.factor(rep(rep(c("D1","D2"),each=3),18))
Variable<-rnorm(108)
mydata<-data.frame(Sediment,Site,Hydrology,Depth,Variable)
mod1<-lme(Variable~Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
Encontrei um exemplo de um design comparável de parcelas subdivididas e sua análise em: http://www3.imperial.ac.uk/portal/pls/portallive/docs/1/1171923.PDF
Alguém poderia confirmar que esse é o caminho certo para analisar esses dados?
Você acha que a estrutura aleatória está corretamente especificada de acordo com o meu projeto experimental?
fonte
Respostas:
Isso chega um pouco tarde, mas acho que sua análise geralmente está correta, com 3 comentários:
lme(Variable~Sediment_ef*Hydrology_ef*Depth_ef, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
, mesmo seX_ef
eX
são colunas idênticas.fonte