Como ajustar o modelo para design cruzado e aninhado usando a função lme no R?

Suponha que A seja um fator fixo e B seja um fator aleatório. A e B são cruzados. Outro fator aleatório C está aninhado em B. Considerando as interações AB e AC, como devo ajustar o modelo usando a função lme no pacote nlme? Obrigado.

r mixed-model lme4-nlme Knightgu
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Você mencionou o pacote lme no título e nlme na sua pergunta. Qual é o pacote correto?

João Daniel

E .... onde está o código?

Dwin

Eu disse que a função lme no pacote nlme. Ime não é um pacote. E eu estou apenas querendo saber como especificar os argumentos nesta função para o meu problema.

Você já tentou lmer()no pacote lme4? Veja, por exemplo, este capítulo do livro

convidado

Muito obrigado. Sim, a função lmer () pode lidar facilmente com efeitos aleatórios cruzados. É por isso que o pacote lme4 é uma grande melhoria para o pacote nlme. Percebi mais tarde que era realmente difícil usar a função lme () para ajustar efeitos aleatórios cruzados. Já que temos o pacote mais recente, por que não usá-lo?

Knightgu

Respostas:

A parte complicada aqui é especificar a fórmula correta.

library(nlme)
# Assume y is your response variable.
lme(fixed = y ~ A, random = ~ A | B/C)

Aqui B/Csignifica C aninhado em B e é a abreviação de B + B:C. A interação com A está presente porque A é repetido na parte aleatória.

Para uma introdução básica ao nlme, recomendo este documento .

gui11aume
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Muito obrigado pela sua solução. Eu acho que você está certo. Vou usar um exemplo prático para verificá-lo. A propósito, uma referência muito legal. Obrigado.

precisa saber é o seguinte

Eu tentei a fórmula que você mencionou usando R. Infelizmente, o conjunto de dados que usei não justificou a fórmula. A função lme () aplicada simplesmente não converge para uma solução numérica. Parece que a função lmer () no pacote lme4 faz a coisa certa.

Knightgu