Como você impede que o Skype seja sincronizado com seus contatos do iPhone?
Parece fazer a sincronização sempre que você sincronizar seu iPhone no iTunes. Não sei como desativar isso.
Você precisa explicitamente virar fora "Mostrar Contatos do Catálogo de Endereços" (apesar de eu tê-lo ativado) nas configurações gerais para impedir que o Skype capture seus contatos do iPhone.