Como faço para usar links NTFS para mesclar pastas A e B?

Para economizar espaço em disco e manter as coisas organizadas, eu quero ter duas pastas, A e B. A pasta A contém arquivos "stock", e a pasta B contém arquivos "modded". Eu quero ter o conteúdo da pasta B na pasta A, de modo a ter uma "união".

Por exemplo, é assim que os arquivos são organizados agora:

Folder A     Folder B
|            |
\-1          \-4
|            |
\-2          \-5
|            |
\-3          \-6

É assim que eu quero que eles sejam:

Folder A     Folder B
|            |
\-1  /-------\-4
|    |       |
\-2  |-------\-5
|    |       |
\-3  |-------\-6
|    |
\-4--/
|    |
\-5--/
|    |
\-6--/

Você pode fazer isso facilmente com links simbólicos regulares, mas o problema é que quando eu adiciono novos arquivos na pasta B, eles também devem ser vistos automaticamente na pasta A.

Como posso fazer isso sem usar scripts manuais ou software extra?

Você não pode. Embora muitas vezes eu tenha pensado que seria útil, a ponto de pensar em criar um software para criar um, a maioria dos sistemas de arquivos (NTFS definitivamente incluídos) não suportam a unificação de dois diretórios da maneira que você pergunta.

Há vários problemas que você precisa para criar alguma solução. O que acontece se você adicionar um arquivo a uma pasta quando um arquivo com o mesmo nome já existir na outra pasta ou tentar adicionar um novo arquivo / pasta diretamente à união (qual pai aparece dentro dele)? O que acontece com a união se você excluir uma das pastas ou renomeá-la? O que acontece se as suas permissões forem diferentes, então uma pasta pode ser lida pelo usuário X, mas a outra não? Todas essas perguntas (e muitas outras que serão encontradas tentando isso) têm respostas em potencial, mas qual resposta é melhor para um determinado caso de uso ou o método de implementação será diferente.

Agora, com isso dito, o Windows (Vista e posterior) tem o conceito de uma "Biblioteca" que pode armazenar arquivos de vários diretórios. Por exemplo, cada usuário tem uma biblioteca "Música" que, por padrão, mantém a união de sua pasta pessoal de música e também da pasta de música pública (todos os usuários). As bibliotecas têm um monte de limitações, a mais notável delas é que elas não estão realmente no sistema de arquivos - não há um caminho para elas que você possa colocar em um script, e você não pode abrir um prompt de comando que aponta para um - mas eles podem ser úteis, no entanto. Para mais informações, leia aqui: http://windows.microsoft.com/pt-PT/windows7/Working-with-libraries