EGit (Eclipse) interpretando incorretamente nomes de arquivos com caracteres não ASCII?

Recentemente, mudei para o uso de um repositório Git no Eclipse (Juno SR2), usando o EGit. Em nosso projeto, alguns nomes de arquivos contêm trema e outros caracteres especiais não ASCII. Na linha de comandos, git statusnão mostre mudanças, limpe a área de trabalho, mas o Eclipse marca esses...