A companhia aérea pode transportar passageiros, mesmo que tenham escolhido assentos (você sempre verá o aviso quando escolher um assento on-line) - enquanto o sistema de reservas on-line não necessariamente saberá se pode fazer isso.
Além disso, a companhia aérea pode ter um conhecimento mais atualizado dos cancelamentos nessa fase.
Portanto, o problema não é a companhia aérea parecer que há poucos assentos remanescentes, mas o sistema não permitirá que você mova outros passageiros para acomodar um grupo em pouco tempo.
Quando faço reservas tardias com a família, apenas planejo o fato de que todos podemos ter que sentar em diferentes áreas do avião. Às vezes, pode ser resolvido, mas certamente nem sempre. Esse é o risco de reservas tardias.