Quais ferramentas de Bioinformática e Biologia Computacional estão disponíveis?

Hoje, me pediram para procurar versões científicas do Ubuntu. Na verdade, eles estão procurando ferramentas para realizar a análise da sequência de DNA, verificação de proteínas, estimativas e muitas tarefas relacionadas à biologia.

Primeiro:

1. Existe uma versão científica e bio-orientada do Ubuntu

2. Existem ferramentas para fazer análises científicas como os pontos mencionados acima.

Fiz algumas pesquisas no Google em várias ferramentas de sistemas operacionais e de pesquisa baseadas em Debian, RHEL e Virtal Machine para biologia computacional e bioinformática. Alguns dignos de nota estão resumidos abaixo:

Debian Med : um sistema operacional Debian particularmente adequado para os requisitos de prática médica e pesquisa biomédica.

DNALinux : é uma máquina virtual com software bioinformático pré-instalado.

Bioknoppix : é uma distribuição personalizada do Knoppix Linux Live CD. Ele vem com aplicativos direcionados ao biólogo molecular. Além de usar RAM, o Bioknoppix não toca no computador host (porque é um Live-CD) e é ideal para demonstrações, estudantes de biologia molecular, oficinas etc.

Vigyaan : ("Vigyaan" significa "Ciência" em hindi. Mas este não é um Linux científico também). Vigyaan é uma bancada eletrônica para bioinformática, biologia computacional e química computacional. Ele foi projetado para atender às necessidades de iniciantes e especialistas. O VigyaanCD é um CD Linux ao vivo que contém todo o software necessário para inicializar o computador com o software de modelagem pronto para usar. O VigyaanCD v1.0 é baseado no KNOPPIX v3.7.

VLinux : é uma distribuição e dispositivo Linux para estudantes e pesquisadores em Bioinformática. É baseado no OpenSUSE e é construído usando o Suse Studio da Novell.

BioSLAX : é um novo conjunto de ferramentas de bioinformática para CD / DVD ao vivo que foi lançado pela equipe de recursos do BioInformatics Center (BIC), Universidade Nacional de Cingapura (NUS). Inicializável a partir de qualquer PC, este CD / DVD executa o sabor compactado do SLACKWARE do sistema operacional LINUX, também conhecido como SLAX.

Bio-Linux 6.0 : é uma estação de trabalho de bioinformática com recursos completos, poderosa, configurável e fácil de manter. O Bio-Linux fornece mais de 500 programas de bioinformática em uma base Ubuntu Linux 10.04. Há um menu gráfico para programas de bioinformática, além de fácil acesso ao sistema de documentação de bioinformática do Bio-Linux e dados de amostra úteis para testar programas. Você também pode instalar pacotes Bio-Linux para lidar com os novos tipos de dados de sequência de geração.

Minha opinião como bioinformática é baixar e executar qualquer sabor do Linux que mais lhe convier. Quase todos são gratuitos para baixar e usar. No meu trabalho de pesquisa, uso o Ubuntu e o CentOS. Vou compartilhar minha experiência.

CentOS : Se você instalar todas as bibliotecas durante a instalação, não encontrará muitos problemas posteriormente. Eu usei o pacote Molecular Dynamics AMBER e Desmond nele. Geralmente, é executado sem apresentar muitos problemas.

Ubuntu: Como ele não vem com muitas bibliotecas pré-instaladas, você deve saber onde encontrar informações sobre como executar um software nele. No entanto, como o Ubuntu é muito popular entre os pesquisadores , não encontro motivo para você não tentar. Se você encontrar alguma dificuldade para instalar ou executar um software, poderá postar perguntas em listas de discussão específicas relacionadas a esse software específico. No centro de software Ubuntu, programas como Pymol , AutoDock , Unipro UGENE etc. estão disponíveis. O Gromacs estava disponível anteriormente (não o encontrei em 12.04).

Eu sugiro fortemente que você faça um esforço e instale todo o seu software útil no Ubuntu e, em seguida, use o Remastersys para fazer cópias do seu sistema operacional e colocá-lo em quantos desktops e estações de trabalho você desejar.

Pessoalmente, vejo uma imensa abrangência em ter um SO Linux especializado voltado para o público de pesquisa em biologia e química.

Espero que ajude.

O Bio-Linux é uma estação de trabalho de bioinformática em uma base do Ubuntu.

Além disso, há toda uma série de programas / ferramentas voltados para a biologia para o Ubuntu, enumerados e elaborados aqui .

Até onde eu sei, não existe uma distribuição especializada para esse fim.

(Existe uma distribuição chamada Scientific Linux , que é baseada no RedHat / Centos, mas é amplamente desenvolvida e visa as necessidades da Física de Alta Energia (e não possui recursos gerais que não existam no Ubuntu).)

Existe uma categoria de biologia (em ciência / engenharia) com uma coleção de pacotes, embora o número de aplicativos científicos especializados empacotados com o ubuntu seja relativamente pequeno (e eu espero que esse também seja o caso de outras distribuições que você possa ver). Ciência + Engenharia / Biologia lista alguns, mas não parece estar atualizado.

Dito isto, muitas ferramentas científicas, embora não estejam nos repositórios oficiais, fornecem pacotes compatíveis com o ubuntu (.deb) que você pode baixar (por exemplo, libSBML ) ou binários genéricos do Linux (por exemplo, Copasi ), ou são neutros na plataforma (escritos em java, python etc) e, portanto, deve ser executado com bastante satisfação no Ubuntu (por exemplo, ImageJ ).

Eu uso o Ubuntu para o trabalho de biologia computacional, embora isso envolva predominantemente o trabalho com ferramentas de uso geral (por exemplo, R, python), em vez de aplicativos especializados.

Vejo que existem vários remixes do Ubuntu Science disponíveis, mas todos parecem ter morrido. Este parece ser o caminho com muitos remixes do Ubuntu, porque muitas vezes eles não oferecem muito, além de instalar automaticamente alguns aplicativos, para que eles não obtenham a massa crítica necessária para que os desenvolvedores os mantenham atualizados. .

Minha sugestão seria usar uma sólida distribuição científica , como o Scientific Linux , que é usada (e desenvolvida por) pelo Fermilab, CERN, etc. Essa é uma distribuição que não vai a lugar nenhum tão cedo e tem ótimas apoio da comunidade científica. Infelizmente, ele é baseado no Red Hat, portanto, pode não atender perfeitamente às suas necessidades.

Se você precisar usar o Ubuntu, existem vários aplicativos científicos disponíveis nos repositórios, inicie o Ubuntu Software Center e navegue em "Ciência e Engenharia" -> Biologia. Não tenho certeza da utilidade desses programas, pois está fora do meu conhecimento. Se eles fossem suficientes, você poderia configurar um script bash rápido que os instalasse quando configurasse uma nova máquina.