Você cometeu o mesmo erro fundamental que Anton Gromov cometeu em sua pergunta no site da rede irmã Space Exploration StackExchange: Você usou o baricentro do sistema solar em vez do Sol como origem do quadro. Se você tivesse usado o Sol, a aparente discrepância teria caído em quase duas ordens de magnitude.
Uma falha muito menor é que você aparentemente usou meia-noite em vez de meio-dia. A época J2000.0 é às 12 horas, horário terrestre, em 1º de janeiro de 2000. Isso não muda muito as coisas, mas é importante. Esse deslocamento de meio dia me incomodou mais de uma vez.
A coordenada z da posição da Terra não teria caído para zero se você fizesse as correções acima (centradas no Sol em vez de no centro solar e às 12 horas em vez de meia-noite). Não teria caído para zero, mesmo se você tivesse usado o baricentro Terra-Lua em vez do centro da Terra.
Uma razão para não cair para zero é que a órbita da Terra sobre o Sol não é uma elipse. A órbita da Terra nem mesmo se encontra em um avião! A principal causa desse movimento não-plano é que a órbita da Lua sobre a Terra é inclinada em cerca de 5,15 ° em relação à eclíptica, fazendo com que a Terra suba e desça em relação à eclíptica 1 . Como a órbita da Terra não é verdadeiramente elíptica ou mesmo plana, o plano eclíptico em alguma época é um avião com média de tempo centrado no tempo da época que faz a posição da Terra em relação ao Sol (ou a posição do Sol em relação à Terra) média a zero.
Uma razão menor é que o quadro eclíptico médio e o equinócio médio do J2000.0 foram definidos há mais de 36 anos. HORIZONS usa DE431, lançado há 6 anos. A capacidade da JPL de modelar o sistema solar melhorou significativamente nas três décadas seguintes.
1 Estritamente falando, faz o Sol parecer subir e descer em relação à eclíptica. O conceito de plano eclíptico remonta aos gregos antigos e mantém um vestígio dessa definição até hoje.