Nas principais linhas de cada grupo

df1 = df.sort_values('score',ascending = False).groupby('pidx').head(2)
print (df1)

    mainid pidx pidy  score
8        2    x    w     12
4        1    a    e      8
2        1    c    a      7
10       2    y    x      6
1        1    a    c      5
7        2    z    y      5
6        2    y    z      3
3        1    c    b      2
5        2    x    y      1
Plain Parrot