Dependendo do tipo de jogo que você está tentando fazer, você precisará de algum lugar para colocar o jogo real.
Um aplicativo do Facebook aponta para sites externos para a parte da tela do aplicativo. Este é o seu próprio servidor da web / webhotel e qualquer que seja o idioma usado pelo servidor da web deve fornecer alguma conectividade ao banco de dados.
Então, se você, por exemplo. usar PHP no servidor, o MySQL pode ser o armazenamento de dados. Se você possui um servidor IIS / ASP / ASP.net disponível, o SQL-Express pode ser sua resposta. Mas com a maioria dos idiomas do servidor, você também pode conectar-se remotamente por meio de IP a outro servidor de banco de dados em outro lugar.
Você também pode usar APIs para conectar-se a serviços da web que permitem colocar / obter dados de seu armazenamento. Alguns são SQL, outros são tabela e outros são baseados em XML, mas se você possui funcionalidade básica de CRUDL, não precisa se preocupar com o que eles fazem.
O Amazon AWS tem algo chamado SimpleDB, que é um tipo de armazenamento XML. Também possui uma ótima API, mas, novamente, tudo depende de suas necessidades, economia e habilidades técnicas para implementar isso.
Se você usa o Flash para um cliente, tem o problema de como se comunicar com um servidor para obter e receber dados do cliente. Para isso, você também precisa de "algo" do lado do servidor que possa servir seus dados conforme necessário e receber dados "POST" do cliente Flash.
Então, depois de ter um servidor, você sabe onde pode colocar seus dados.
Que eu saiba, o Facebook atualmente NÃO suporta armazenamento de dados nativo, mas talvez outros possam elaborar sobre esse assunto.