Realizei ANOVA de medidas repetidas em R, da seguinte maneira:
aov_velocity = aov(Velocity ~ Material + Error(Subject/(Material)), data=scrd)
summary(aov_velocity)
- Qual sintaxe em R pode ser usada para realizar um teste post hoc após uma ANOVA com medidas repetidas?
- O teste de Tukey com correção de Bonferroni seria apropriado? Se sim, como isso poderia ser feito no R?
Respostas:
O que você pode fazer é especificar o modelo
lme
e, em seguida, usarglht
nomultcomp
pacote para fazer o que você deseja. No entanto, o lme fornece valores F ligeiramente diferentes do que uma ANOVA padrão (veja também minhas perguntas recentes aqui ).Para outros contrastes, em seguida, bonferroni, veja, por exemplo, o livro
multcomp
dos autores do pacote .Você também pode querer ver este post na lista R-mailing , e este post para especificar uma ANOVA de medidas repetidas em R .
No entanto, como mostrado nesta minha pergunta, não tenho certeza se essa abordagem é idêntica a uma ANOVA. Além disso, o glht relata apenas valores z em vez dos valores t ou F usuais . Isso também parece incomum.
Até agora, não encontrei outra maneira de fazer isso.
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Se você deseja manter a
aov()
função, pode usar oemmeans
pacote que pode manipularaovlist
(e muitos outros ) objetos.Depois de criar um
emmGrid
objeto da seguinte maneiraé muito fácil obter todas as comparações (post hoc) aos pares usando a
pairs()
função ou qualquer contraste desejado usando acontrast()
função doemmeans
pacote. Ajustes de teste múltiplo podem ser alcançados através doadjust
argumento destas funções:Para obter mais informações, achei as vinhetas emmeans detalhadas e a documentação muito úteis.
Além disso, você pode encontrar um exemplo completo (reproduzível), incluindo uma descrição de como obter os pesos de contraste corretos na minha resposta aqui .
Observe, no entanto, que o uso de um modelo univariado para os testes post hoc pode resultar em valores p anti-conservadores se a esfericidade for violada.
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Se a esfericidade for atendida, você poderá executar uma ANOVA bidirecional:
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