Sim, Wayland usa XKB para layouts de teclado. Mas não é bem a pergunta certa, porque as coisas funcionam de forma diferente do X. Lembre-se de que Wayland é apenas um protocolo (além de uma biblioteca de invólucros).
No nível do protocolo, o wayland tem um evento wl_keyboard.keymap. Este evento contém um descritor de arquivo para o mapa de teclas e um classificador de formato. No momento, apenas um formato está definido: "xkb". Portanto, um cliente de wayland receberá um mapa de chaves compatível com XKB e pode usar libxkbcommon para interpretar isso para obter o glifo correto na tela etc.
Mas Wayland não define como esse mapa-chave é decidido. Esta decisão é com o compositor. Em Weston, ele é lido no arquivo de configuração na inicialização, no GNOME, em gsettings, etc. E essa decisão também define como você pode alterar os mapas de teclas em tempo de execução (se possível). No GNOME, você pode usar o painel de configuração ou definir as chaves gsettings diretamente.
O protocolo X possui solicitações para definir o mapa de teclas no nível do protocolo e é isso que torna possíveis ferramentas como o setxkbmap. O Wayland não possui essas solicitações, não é possível definir o mapa de teclas usando o protocolo Wayland sozinho.
