Se os ímãs permanentes forem montados rigidamente a uma distância fixa da IMU, eles não terão efeito nos acelerômetros e giroscópios dentro do MPU-6050.
Opcionalmente, você pode conectar o MPU-6050 a um magnetômetro externo. (É usado para cancelar o desvio da guinada). Esse magnetômetro, se você tiver um, será afetado por ímãs. Em teoria, você poderia proteger o magnetômetro envolvendo-o em mu-metal , mas isso também protegeria o magnetômetro do campo magnético da Terra, tornando o magnetômetro inútil - melhor deixar de fora o magnetômetro e o escudo.
Talvez você tenha sorte e os ímãs simplesmente alterem os valores do magnetômetro, sem que isso se destaque. Nesse caso, existem várias maneiras de calibrar esse turno fixo, e a IMU poderia funcionar tão bem quanto teria funcionado sem esses ímãs. (Não está claro para mim se o MPU-6050 em particular suporta essa calibração).
Estou assumindo que seus ímãs têm algum propósito, sim? Geralmente, as pessoas usam ímãs de maneiras em que o campo magnético em uma pequena região é realmente usado e qualquer campo magnético "disperso" em outros lugares não ajuda. Existem várias maneiras de "concentrar" o campo magnético, fortalecendo-o onde é realmente útil e tornando os campos dispersos mais fracos.
Contra-intuitivamente, é possível adicionar mais ímãs ao seu sistema de forma que o campo magnético total, no magnetômetro, de todos os ímãs seja quase perfeitamente cancelado, deixando apenas o campo magnético da Terra. (Isso geralmente torna o campo magnético em outro lugar mais forte).
Por exemplo, um arranjo de Halbach organiza ímãs permanentes de uma maneira que torna o campo mais forte de um lado, enquanto cancela o campo para quase zero no outro lado.